Az 1528-ban még bizonyosan lakott Csömör a területre vonatkozó első török forrásban, a budai szandzsák 1546. évi összeírásában már pusztaként szerepel. Szentmihály pusztával együtt 1559-ben Mehmed bin Báli pasa, a Duna folyó kapudánjának a ziámet birtoka és a két puszta Cinkota lakott helységgel együtt képez egy birtoktestet.
Csömör puszta 1546-ban Gazanfer, a budai vár szabjainak agája kezén lévő ziámet birtok volt. Haszonélvezője 1580-ban Hizir bin Ali pasa, a budai vilájet beglerbégje, hász-birtokos. Egyéb török haszonélvezőre nincs adatunk.
A török adókivetésből némi fény derül Csömör puszta gazdálkodására. Bár minden esetben megjegyzik a török források, hogy ráják, azaz lakók nélkül van, ez nem jelenti azt, hogy területét nem műveltették volna a birtokosai.
Az 1546. évi adójövedelem szerint búza, rozs-búza (kevert) termett, valamint szőlőt szüreteltek és szénát kaszáltak a területén. Az 1559. évi összeíráskor ugyanez volt a helyzet. Az 1562., 1530. és 1590. évi összeírások már a terményekre nézve nem tartalmaznak adatokat.
Úgy véljük, hogy Csömör 1541-1546 között pusztult el a török sereg hadjárata során. Ahogy az lenni szokott, a támadáskor a falu lakóinak egyik részét megölték, a másik részét elhurcolták rabszolgának és aki tehette elmenekült.
Csömör falu szétfutott, elmenekült lakosságának is megtaláljuk a nyomait a környéken, illetve távolabb is. A török elleni Várday Pál esztergomi érsek 1545-tól egy palánkot építtetett a Nyitra folyó bal partján, melyet alapítója után Érsekújvárnak neveztek el. ennek a palánknak a kapitánya Csömöry Imre, a várban szolgál még Csömöry Gergely „4 lóval”, azaz négy katonájával együtt. A Nyitra jobb partján 1573-tól épült fel a hatalmas kővár, amelyik ugyancsak az Érsekújvár nevet kapta. A palánkvár ezután elenyészett.
Vác városának Sáros utcájában található 1559-ben Csömör Imre háza, Kosd faluból költözött ide, nem valószínű, hogy azonos lenne a várkapitánnyal, hiszen azok ritkán költöztek be a hódoltságba. Zagyvarékason tűnik fel 1570-ben egy csömöri család, 1562-ben még bizonyosan nem laktak a faluban.
Természetesen ezek a családok Csömörön még más nevet viseltek, hiszen nincs értelme Csömörinek hívni egy családot Csömörön, mivel mindenki az. Az elszármazás után azonban az idegen, a befogadó település népe olykor, nem minden esetben, elnevezhette a jövevény családot Csömörinek, hiszen onnan érkeztek.
